Después de la guerra el Unión Juventud Cantabria volvió a disputar el campeonato de liga, inscrito en las categorías regionales de la Federación Cántabra de Fútbol primero y de la Federación Astur-Montañesa de Fútbol desde la temporada 1941-42. No fueron buenas temporadas, acumulando descensos (de Primera a Segunda Categoría en 1939-40, y de Segunda a Tercera Categoría en 1943-44). Sin embargo en la campaña 1945-46 logró el ascenso a Segunda Categoría, momento en el cual pasó a ser filial del Racing, cambiando su nombre por el de Juventud Real Santander, aunque sin cambiar ni de uniforme ni de sede social.
